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Small RNA是一大類調(diào)控分子,幾乎存在于所有的生物體中。Small RNA包括:microRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通過多種多樣的作用途徑,包括mRNA降解、翻譯抑制、異染色質(zhì)形成以及DNA去除,來調(diào)控生物體的生長發(fā)育和疾病發(fā)生。Small RNA轉(zhuǎn)錄組測序是鑒定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。
技術(shù)特點
1.可以直接從核苷酸水平上研究Small RNA分子,不存在傳統(tǒng)芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題,非常利于區(qū)分相同家族以及序列極為相似的不同Small RNA分子;
2.可以對任意物種進(jìn)行高通量分析,無需任何預(yù)先的序列信息以及二級結(jié)構(gòu)信息。
3.靈敏度高,測序通量大,為Small RNA分子的發(fā)現(xiàn)和研究提供了極大的數(shù)據(jù)深度與覆蓋率,能夠檢測豐度極低的稀有轉(zhuǎn)錄;
4.測序產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)可以與多種分析軟件兼容,可以注釋Small RNA的基因組信息,并分析其表達(dá)水平,能夠隨時使用公用Small RNA數(shù)據(jù)庫注釋已知的Small RNA,還可以進(jìn)一步分析 未匹配的數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)新的Small RNA種類及異構(gòu)體,尋找更深入的研究信息。
實驗流程
圖中深色為該實驗流程
分析流程
標(biāo)準(zhǔn)分析
(1) 數(shù)據(jù)過濾及比對
(2) MicroRNA的比對分析及預(yù)測
高級分析
(3) MicroRNA表達(dá)水平分析
(4)MicroRNA表達(dá)差異性分析
送樣要求
RNA濃度≥200ng/ul,總量≥2ug
細(xì)胞數(shù)≥5ⅹ106
對68個標(biāo)本的聚類分析
亞型差異表達(dá)維恩圖分析
差異表達(dá)基因熱圖分析
收起
全流程在線可視化,便捷高效觸手可及
創(chuàng)建/加入團隊,解鎖定制化權(quán)益
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